Parcours Biologie 2e et 3e année

Il s'agit d'une UE visant à l'acquisition d'une bonne connaissance du fonctionnement des cellules eucaryote et procaryote qui traite de toutes les grandes fonctions cellulaires (réplication, transcription, traduction, cytosquelette, cycle cellulaire, interaction cellule-environnement) et des méthodes expérimentales qui en permettent l'analyse.  

Le travail d'acquisition de ces connaissances en séance de TD est mené par des méthodes de pédagogie interactive (travail préparatoire, travail en îlot, présentation orale) sous forme d'actions que les étudiants doivent mener tout au long du semestre : retransmission orale des connaissances, exercice d'application, élaboration de QCM, analyse de figures scientifiques, élaboration d'un projet de créativité pédagogique.

En TP, l'étudiant aura une première initiation aux approches expérimentales de centrifugation différentielle, de culture cellulaire et d'immuno-marquage luminescent.

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Il s'agit d'une UE d'introduction aux notions de génétique chez les cellules procaryote et eucaryote ainsi qu'en génétique des populations. En particulier, elle traite des différents mécanismes de transfert horizontal de gènes chez les bactéries et leur utilisation pour la cartographie génétique. Elle traite aussi des différents types d'hybridisme mendélien et non mendélien chez les organismes eucaryotes et décrit des exemples en génétique humaine. Enfin, elle introduit les concepts de base en génétique des populations (principe d’Hardy-Weinberg, régime de reproduction et forces évolutives).

L'acquisition de ces connaissances sera travaillée en TD par des exercices d'application et les séances de TP permettront aux étudiants de se familiariser avec les techniques de bases en génétique bactérienne (transformation, sélection, carte de restriction).

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Il s'agit d'une UE visant à l'acquisition des bases de statistique descriptive et inférentielle. Elle traitera en particulier des méthodes d'estimation ponctuelle, d'estimation par intervalle de confiance, et de tests d'hypothèses dans un cadre paramétrique. Les enseignements sous forme de cours/TD sont complétés par des séances de travaux pratiques sur ordinateur visant à se familiariser avec la manipulation du logiciel R pour la statistique.

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Cette UE concerne la cinétique et la thermodynamique des réactions chimiques en lien avec la biologie. Elle traite en particulier des vitesses de réaction, des enthalpies, de l’entropie, des cycles thermodynamiques et revient de manière plus approfondie sur les notions d’acide/base. Les concepts abordés en cours sont appliqués en TD via des exercices et en TP par des expériences de calorimétrie et de conductimétrie.

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Cette UE concerne les 2 modes de communication dans l'organisme des Mammifères que sont la communication nerveuse et la communication hormonale. Elle vise à faire comprendre la nécessité des régulations physiologiques pour maintenir l’homéostasie de l’organisme, à acquérir les notions de boucle de régulation et d'intégration de signaux de communication. Elle décrit en particulier le rôle de ces processus dans la thermorégulation.

Les notions dispensées en cours sont approfondies en TD sous forme d'exercices d'application ainsi que par l'analyse et la modélisation de données expérimentales.

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Cette UE vise à faire découvrir les particularités du règne végétal, ses potentialités en termes de synthèse de molécules (chimie verte), de génétique (sélection agronomique et modification génétique) et de production énergétique (valorisation de la biomasse).

Les cours (CM et TD) consistent à introduire ces notions et les techniques associées. Ils serviront de bases à un travail des étudiants sur des exemples d'applications récentes de valorisation des ressources végétales qu'ils présenteront oralement lors des séances TD/TP.

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L'objectif de l'UE est de présenter les différents types d'interactions (symbiose, commensalisme, parasitisme) entre les bactéries et les organismes eucaryotes, animaux, protistes ou végétaux, ainsi que les moyens de visualiser l’évolution de ces interactions. Les thèmes développés seront les interactions entre bactéries et avec leur environnement, le microbiote intestinal humain (caractérisation, fonction), les bactéries pathogènes du tube digestif, la symbiose bactérie/plantes et les bactéries pathogènes chez les insectes.

Les séances de TD sont consacrées à l'analyse de données expérimentales en lien avec les thèmes abordés en cours.

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Il s'agit d'une UE visant l'acquisition des bases de l'enzymologie (catalyse, équation de Michaelis-Menten, mécanismes de catalyse) et du métabolisme (glycolyse, cycle de Krebbs, métabolisme bactérien).

Les séances de TD consistent en des exercices d'applications des notions vues en cours et en la préparation des séances de TP. Les séances de TP concernent l'apprentissage de la manipulation et de la caractérisation des enzymes (purification, spectroscopie).

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Cette UE aborde la physiologie animale et la physiologie végétale, en intégrant dans les deux disciplines une démarche expérimentale en lien direct avec l’enseignement théorique. En physiologie animale, elle concerne l'étude des fonctions physiologiques humaines telles que l'homéostasie, le potentiel de repos et d'action et la contraction musculaire). La partie physiologie végétale concerne la nutrition minérale et carbonée des plantes, ainsi que le développement des Angiospermes et sa régulation.

Les séances de TD consistent en des exercices d'applications, des analyses de résultats expérimentaux et en la préparation des séances de TP.

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Il s'agit d'une UE visant à la compréhension des concepts généraux et fondamentaux de l'écologie. Elle concerne en particulier les différents niveaux d'intégration en écologie (population, communauté, écosystème, biosphère), l'écologie des populations (dynamique des populations), des communautés (filtres historiques, biotiques et abiotiques et composition des communautés) et des écosystèmes (grands cycles biogéochimiques, écotoxicologie).

Les notions abordées sont approfondies en TD par des exercices d'applications et des analyses de résultats expérimentaux et en séance de TP dont une consiste en une sortie terrain.

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Cette UE concerne les propriétés de l'eau en tant que solvant en lien avec la biologie. Elle traite en particulier de la notion de pH et des calculs associés, de la solubilité et des réactions d'oxydoréduction. Les notions vues en cours sont approfondies en TD par des exercices d'applications et en TP par des expériences de titrage potentiométrique.

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L'objectif de l'UE est l'initiation à la conduite d'un projet expérimental en biologie sur l’un des 3 thèmes proposés, à savoir « Plantes et lumière », « Contrôle de la diauxie par l’opéron lactose chez Escherichia coli » ou « Caractérisation biochimique et fonctionnelle d’une protéine d’intérêt ». Les étudiants travaillent en binôme et avec l'aide de deux enseignants référents lors de tutorats personnalisés permettant la construction du projet (cadrage de la problématique, choix des expériences, sélection des protocoles, interprétation des résultats). Ils bénéficient aussi de supports d'autoformation introduisant les méthodes de construction d'un plan d'expériences et d'analyse de données scientifiques. Les projets expérimentaux sont réalisés en conditions de semi autonomie lors d'un mini-stage de 5 jours en salle de TP. Il s'agit d'une UE professionnalisante dans la mesure où les compétences développées et évaluées correspondent pour partie à celles attendues pour un chargé de projet.

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Dans cette UE, les étudiants travaillent en équipe de 5 à 7 sur 4 problématiques suivant un cycle méthodologique pour acquérir les outils de veille scientifique = « Challenge Méthodo » et trois cycles thematiques pour les utiliser = « Apprentissage Par Problème ». Chaque cycle comprend des conférences (4 à 6 « cours magistraux » selon les thèmes) et 5 séances de TD-tutorat dont les résultats sont présentés à l’écrit et à l’oral. Les 3 thèmes abordés constituant des ouvertures pouvant intéresser au-delà de l’UE, les cours-conférences ont été placés sur un créneau de milieu de journée afin de les rendre accessibles au personnel, enseignants et étudiants de la Licence Science et Technologie. Il s'agit d'une UE professionnalisante dans la mesure où les compétences développées et évaluées correspondent pour partie à celles attendues pour un responsable de veille scientifique et dans les métiers de la communication scientifique.

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Il s'agit d'une UE principalement expérimentale dont l'objectif est la formation des étudiants aux techniques actuelles utilisées couramment dans les domaines de la biochimie, de la biologie moléculaire, de la biologie cellulaire et de l'immunologie. Les séances de TP se déroulent dans des conditions (matériel, durée d'expérimentation) comparables à l'activité en laboratoire de biologie. Elles sont précédées et suivies par des séances de TD visant à accompagner les étudiants dans l'appréhension des protocoles techniques, dans la mise en forme et l'analyse de résultats expérimentaux.

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L'objectif de cette UE est la compréhension des processus cellulaires au niveau moléculaire détaillé. Il s'agit notamment d'étudier par le détail les structures des protéines, des acides nucléiques ainsi que les relations structure-fonction des biomolécules, la formation des complexes et les réactions chimiques impliquées dans certains processus eucaryotes. Les principales questions abordées sont (1) le monde de l'ARN : transcription et traduction, ARN non-codant, ARN enzymatique, dégradation des ARNs non-sens (2) les modifications post-traductionnelles comme la glycosylation, le rôle de l'ubiquitine, la phosphorylation (3) les mécanismes de transduction des signaux (4) les principes de conversion d'énergie et (5) l'enzymologie générale. Les TD complètent les cours et approfondissent tous les sujets traités en cours.

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L'objectif de cette UE est d'introduire les principes de modélisation formelle (mathématique, statistique et informatique) pour répondre à des questions biologiques et les outils permettant l'analyse des séquences biologiques. Il s'agit en particulier d'apprendre à modéliser les phénomènes biologiques, à tester des hypothèses à l’aide des outils statistiques et bio-informatiques. Les notions abordées en cours sont mises en oeuvre lors des séances TP sur ordinateur avec le logiciel de statistique R et les outils usuels de bio-informatique.

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L'objectif de cette UE est de consolider les connaissances de biologie cellulaire eucaryote et procaryote acquises en L1 et L2 et d'introduire les bases de l'immunologie. Il concerne en particulier la description des propriétés et des mécanismes de différentiation cellulaire chez les bactéries ainsi que chez les organismes eucaryotes uni et pluri-cellulaire. Les séances de TD servent à approfondir et illustrer les thèmes présentés dans les cours avec un accent particulier sur la compréhension des techniques et méthodes actuelles de biologie cellulaire.

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L'objectif de cette UE est de préparer l'étudiant à l’insertion professionnelle. Elle accompagne un travail personnel de l'étudiant visant à  mieux se connaître pour mieux savoir communiquer, à mieux connaître le monde professionnel pour identifier les attendus et à savoir synthétiser ces différents aspects en vue d'un entretien d'embauche.

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Le cours d'anglais en L3 s'appuie sur le travail d'initiation aux bases lexicales et grammaticales de l'anglais scientifique et technique fait en L2 à l'UGA ou en IUT. Il vise à la fois à développer des compétences de communication en anglais scientifique (s'exprimer en public, écrire un résumé, écrire une introduction compte rendu de TP) et à maîtriser des tâches spécifiques liées à une séance de travaux pratiques (description de manipulations, de graphiques et de processus).

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Vidéo de présentation de l'UE BIO 601

Les cours magistraux de cette UE abordent les interactions cellulaires dans les cellules normales et cancéreuse, le trafic cellulaire, la signalisation et la mécanotransduction, la prolifération et la mort cellulaire ainsi que la différenciation cellulaire et les cellules souches. Les techniques de visualisation du vivant seront revues autour des dernières avancées en microscopie photonique. Les TD concernent la signalisation cellulaire, l’apoptose, les interactions cellules-matrice extracellulaire, la croissance tumorale et les stratégies utilisées en microscopie à fluorescence. Ils décrivent précisément les techniques de biologie cellulaire comme la transfection de cellules de mammifères, l’ARN à interférence, l’immuno et co-immunoprécipitation, le système inductible tet-ON, les gènes rapporteurs in vitro et in vivo chez les eucaryotes supérieurs, les méthodes de mesure de la prolifération et de l’apoptose, les mesures physiques de la cellule. En TP, les étudiants étudient la structure et la fonction de deux types d’adhésome, adhésion focales et invadosome, exprimés dans les cellules normales et tumorales respectivement.

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Dans cette UE de physiologie, les fonctions vitales et les aspects bioénergétiques sont abordés selon 2 thèmes, comportant chacun un ensemble de CM, TD et TP. Le premier thème vise à comprendre comment l’organisme répond aux besoins fluctuants de toute cellule et comment les systèmes respiratoire et cardiovasculaire adaptent leur fonctionnement à la demande énergétique accrue lors de l’exercice physique (Illustration par un TP chez l’Homme). Dans le second thème, l’étude de la fonction digestive et de la régulation de la glycémie permet d’expliquer comment l’organisme puise les nutriments dans l’alimentation et acquière une certaine autonomie face à ses besoins nutritionnels. Cette UE, est aussi l’occasion de se familiariser avec l’expérimentation animale, par deux TP chez le rat, l’un à l’échelle de l’organe (étude de la contraction de l’intestin) et l’autre à l’échelle de l’organisme (mesure de glycémie).

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Cette UE traite des interactions entre les organismes et leur environnement à différents niveaux d’organisation fonctionnelle à partir d'exemples concernant les différents règnes du vivant et différents environnements contraints. Elle concerne en particulier les biomes et leurs contraintes (à travers l'exemple des biomes arctico-alpin, méditerranéen et désertique), les impacts de ces contraintes sur le fonctionnement d'un organisme (plante ou bactérie) ou d'un écosystème et les réponses du vivant à ces contraintes (adaptation, plasticité) de l’échelle moléculaire et cellulaire à celle de l’écosystème. Les notions dispensées en cours sont approfondies en séances de TD par des analyses de résultats et publications scientifiques et mise en relation avec des données réelles produites en séances de TP ou observées lors d'une sortie sur le terrain.

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Cette UE a pour objectif d’acquérir les connaissances de bases en immunologie. L’immunologie est une science qui s’intéresse à la fonction du système immunitaire (SI) qui peut être définie par les mécanismes permettant à un organisme vertébré de faire face aux différents micro-organismes pathogènes (virus, bactéries, champignons), mais également à ses propres cellules devenues tumorales. Le SI doit donc être en mesure d’éliminer les pathogènes et les cellules tumorales et de cohabiter avec la flore non dangereuse (microbiote) et de ne développer aucune réaction adverse vis-à-vis de ses propres cellules non altérées (tolérance). Nous nous attacherons donc à décrire et comprendre comment le SI est capable d’orchestrer des interactions complexes entre :  organes (moelle osseuse, thymus, ganglions lymphatiques…), cellules (cellules dendritiques, lymphocytes B et T, macrophages…) et molécules (anticorps, cytokines…) aux fonctions spécialisées afin de développer une réponse adaptée.

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Cette UE aborde, à travers plusieurs grands modèles de génétique développementale, les mécanismes cellulaires et moléculaires de morphogenèse chez les animaux et les végétaux. Le module présentera les approches classiques et modernes de la recherche en biologie du développement et les techniques et technologies clés qui l'accompagnent. Il se décline en cours magistraux, travaux dirigés sous forme d’analyse de documents (résultats expérimentaux extraits d’articles de recherche) et travaux pratiques pour l’étude multi-approche de transitions développementales.

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Il s'agit d'une introduction à l'écotoxicologie qui est un domaine scientifique faisant appel à l’ensemble des connaissances d’un biologiste-chimiste-écologue afin de comprendre 1) comment les polluants se dispersent et se répartissent dans l’environnement, 2) par quelles voies ils pénètrent dans les organismes, 3) par quels mécanismes ils peuvent impacter les organismes de l’échelle moléculaire à l’échelle individuelle, puis, 4) quelles peuvent être les répercussions de l’échelle populationnelle à l’écosystème. Les étudiants doivent donc intégrer la notion d’échelle spatio-temporelle des évènements écotoxiques (niveau d’organisation biologique et temps au bout duquel l’effet est observé) mais aussi être capable de proposer un scénario de dispersion des polluants à partir de leurs caractéristiques physico chimiques. L’UE doit également permettre aux étudiants de décrypter les enjeux environnementaux actuels liés à la pollution.

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Cette UE a pour objectif de décrire les mécanismes évolutifs à l’origine de la biodiversité et les processus structurant la biodiversité actuelle. Elle aborde ainsi les théories de l’évolution et la reconstitution des histoires évolutives (phylogénie), les mécanismes à l’origine de la diversité au sein des espèces (populations, microévolution) et la formation de nouvelles espèces. Les phénomènes macroévolutifs sont également abordés en lien avec la biogéographie et la diversification des écosystèmes. La dynamique de la biodiversité est étudiée à différentes échelles (populations, communautés, écosystèmes). Enfin, un focus est fait sur les mécanismes évolutifs, écologiques et moléculaires de l'évolution des microorganismes.

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Il s’agit ici de comprendre le fonctionnement du système nerveux principalement au niveau cellulaire. L'objectif de l’UE est de donner aux étudiants un aperçu des bases moléculaires et cellulaires du développement et du fonctionnement normal et pathologique du système nerveux. Sont rassemblées les connaissances de base de l’organisation et du fonctionnement du système nerveux du niveau cellulaire ou même moléculaire au niveau le plus intégré. Dans ce cadre, nous introduirons les mécanismes qui permettent la mise en place de la circuiterie au cours du développement et comment des modifications du fonctionnement synaptique pourraient expliquer certains aspects de la mémoire et des comportements. Enfin le cas de la maladie d'Alzheimer sera utilisé comme exemple d'une pathologie synaptique. Les notions abordées en CM sont approfondies en TD par des exercices d'applications et présentations d’articles scientifiques.

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Ce module correspond à la réalisation d’un stage niveau technicien de 3 semaines. L'objectif est d'acquérir une première expérience technique, de s'intégrer dans un environnement professionnel et de pratiquer les enseignements théoriques dispensés en Licence, particulièrement ceux exposés dans le cadre de PEP3 (Projet d’Exploration Professionnelle).

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Vous trouverez les informations concernant les enseignements transversaux à choix a cette adresse

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Cette UE s’intègre dans le dispositif national « Partenaires scientifiques pour la classe » dont l’objectif est d’épauler un enseignant d’école primaire (Professeur des Écoles, PE) dans la mise en place d’un enseignement des sciences fondé sur la démarche d’investigation. Pour cela, les étudiants (seuls ou en binômes, au choix) accompagnent un PE dans la conception de 5 à 7 séances de sciences puis participent à l’animation de celles-ci , en classe avec le PE.

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