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UE Biophysique des protéines fluorescentes

Diplômes intégrant cet élément pédagogique :

Descriptif

Travaux Pratiques :

Les travaux pratiques de cette UE ont pour but de former les étudiants aux techniques couramment utilisées dans les domaines de la biochimie et de la biophysique. Les enseignements dispensés s’articulent autour d’une protéine fluorescente modèle, la Cerulean. A travers un enchainement de 3 séances, cette protéine sera purifiée, caractérisée biochimiquement mais aussi par spectroscopie (UV-visible et fluorescence), cristallisée et étudiée in-silico. Les étudiants se familiariseront à la manipulation de cristaux et ils pourront voir les rudiments d’une collecte de donnée sur un synchrotron grâce au support de la ligne de lumière française FIP localisée à l’ESRF. La structure tridimensionnelle de la Cerulean sera alors analysée et les résultats biochimiques et spectroscopiques seront interprétés à l’aune des observations effectuées sur le modèle PDB idoine. Une comparaison avec la GFP permettra d’ouvrir la réflexion sur les évolutions passées et mise en œuvre par génie génétique.

 

 

Objectifs pédagogiques de cette UE :

  • Consolider les compétences acquises sur les techniques élémentaires de biochimie.
  • Conforter la rigueur nécessaire à la mise en place d’une démarche expérimentale.
  • Systématiser les fondements de la démarche scientifique à travers la boucle D.A.C (décrire, analyser et conclure).
  • Initier aux rudiments de la biophysique (UV-visible, fluorescence, cristallographie…).
  • Amorcer les bases de l’analyse structure / fonction d’une protéine.
  • Se familiariser avec les outils informatiques de base de la biologie structurale.

Pré-requis recommandés

  • Biochimie 1 : Les constituants biomoléculaires de la cellule (BIO101, 131 et 151) ;
  • Biochimie 2 (BIO401, 431 et 451) ;
  • Liaison chimique (L2 S4, UE en cours de création) ;
  • Méthodes Expérimentales en Biologie (BIO501) ;
  • Méthodes spectroscopiques (CHI503).

Informations complémentaires

Notions acquises en début d’UE :

  • Préparation de tampons et de solutions diverses (calculs, pesées, prélèvements…) ;
  • Pipetage (micro et macro) et utilisation de la verrerie usuelle ;
  • Purification d’une protéine par chromatographie d’affinité ;
  • Caractérisation d’échantillon de type SDS-PAGE, spectroscopie UV-visible… ;
  • Rédaction d’un protocole simple et/ou d’un compte-rendu et/ou d’un cahier de laboratoire.
Langue(s) : Français